正直、この話はあまりにも世界観の根底に係わりすぎる問題だから、今から書くのはただの一説。
　というか、木菟の世界では、こうなってるかもしれない、くらいの。

・ポケモンの本質は電子…というか、情報生命体。
・どこかのマッドサイエンティストの暴走で、現実世界にも飛び出した。
・飛び出したポケモン達の暴走で、人間の文明は一度滅びた。
・文明が滅びてしまっているので、そこから文明を作り直した人間は、情報化できる動物をポケモンと認識した。ある意味、真逆の解釈である。
・神話の世界でポケモン達が神にも等しい存在として描かれているのは、そういう意味で仕方ない。彼等はいきなり飛び出してきて、暴走して、人間の文明を滅ぼしてしまったわけだから。そこから歴史が作り直されたわけだから。言わば、文明の暗黒期の物語なのである。
・普通の動物は、元々がそうでないがために、情報化できない。
・無機物は情報化できたが、生命を情報化するにはまだ技術は追い付いていない。追い付いていないし、倫理的な問題も解決されねばならないだろう。マトリクス的な世界にならない為にも。
・野生ポケモンが無限に飛び出してくるのは、コンピューターウイルスみたいに自己増殖した情報が溢れだしてくるから。倒しても死体が残らないのは、単純に実体化する機能が維持できなくなって情報の海に戻ったから。

　さて、実は、こういう説を打ち立てると矛盾する出来事がある。それが以下。
・どこぞのジムでワープ装置が使われている事。
・ワープの原理はどう考えれば良いのだろう。人間ですら、一瞬情報化されている事の表れだとは思えないか？

　そこで、以前書いた、マトリクス的世界観になってしまうのである。
・情報と物質の壁は破壊されている。

　…まぁ、これはまだまだ考察の余地がありますけどね～。取り敢えず、忘れないうちに、メモだけはしておきますですよ。